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位於宇陀市藥師寺旁的藥師寺別館旅館是理想之選，這間傳統日式庭院風格的精品旅館僅需步行3分鐘即可抵達寺廟主殿，客房均配備榻榻米與私人露台，可靜賞晨曦中的古剎紅牆。建議提前預訂含早餐的和風套餐，體驗當地人清晨祈福的寧靜氛圍，並於客房內品嚐由奈良老店供應的抹茶點心，感受千年古都的侘寂之美。

藥師寺別館旅館的「月見庭園房」是唯一可俯瞰藥師寺夜間點燈景致的客房，窗戶正對主殿金剛堂，每晚18:00至21:00期間，寺廟屋頂的金色燭光與庭院石燈籠交相輝映，營造出宛如浮世繪的意境。房內設有香道體驗套裝，讓旅客在靜謐中感受日本佛教文化的深邃韻味，建議搭配旅館提供的夜間茶會服務，沉浸於千年古寺的寧靜時刻。

入住藥師寺別館旅館後，建議從清晨7:30開始參觀藥師寺本堂，參加每日限定的「晨鐘法會」，感受梵音迴盪的莊嚴氣氛。隨後步行5分鐘至附近的「宇陀市歷史資料館」，了解奈良時代的建築技術與佛像鑄造工藝。中午可在旅館享用由本地農家直送的鯉魚飯糰與野菜天婦羅，下午則可參與由旅館主辦的「古籍抄寫工作坊」，親手臨摹《藥師經》片段，帶走一份獨特的文化記憶。